С упадъка на държавите на Птолемеите и Селевкидите в края на 2 век пр.н.е. държавата на набатеите възвръща самостоятелността си. При Аретас III Филелин (ок. 85 пр.н.е. - 60 пр.н.е.) те секат свои монети, а столицата Петра се превръща в голям елинистичен център. Периодът на разцвет продължава и при Аретас IV Филопатър (9 пр.н.е. - 40).
През 106 римският управител на Сирия завладява държавата на набатеите, която е превърната в римската провинция Арабия, но Петра продължава да процъфтява като важен център в региона. От 1 век в Петра прониква и християнството, а Атанасий споменава за епископ на Петра на име Астерий. През 131 градът е посетен от император Адриан. В края на 2 век Петра започва да губи значението си, след като центърът на арабската търговия се измества към Палмира. По времето на император Александър Север сеченето на монети и строителството на монументални обществени сгради е прекратено.
Част от Източната Римска империя, около 630 Петра е завладяна от мюсюлманите. По време на Йерусалимското кралство остатъците от града са завзети от крал Балдуин I и остава под контрола на кръстоносците до 1189.