На югоизток от комплекса са били най-малките и скромни сгради, издигнати покрай тесни улички, близо до многобройните тераси. В най-долната част на терасите е гробницата, в която по време на разкопки, са били намерени 135 скелета и 109 от тях са били идентифицирани като женски. Това дава основание на учените да смятат, че жителите на Мачу Пикчу са били предимно жени, които инките си избирали и скривали в града, неизвестен за испанските завоеватели. Древната крепост на инките е открита случайно през 1911 г. и оттогава е обект на исторически и археологически тълкувания. Тя продължава да възбужда любопитството на учените. Американският археолог Хирам Бингъм открива древния град по време на експедиция, организирана от престижния университет Йейл. Съществуват различни хипотези за основните функции на града и начините, по които инките са го построили, тъй като районът е трудно достъпен. Голяма част от предположенията са направени от откривателя на града Бингъм.