Според него Мачу Пикчу е било най-сигурното убежище на инките. Тук победеният инка Манко и неговите хора избягали след обсадата на столицата Куско през 1536 г. след проваленото въстание на инките срещу испанските завоеватели. Стратегическата позиция на Мачу Пикчу обаче е послужила за основа и на друга, доста популярна хипотеза. Според нея "крепостта" служила за стражева охрана и била използвана от инките като символ на доминиращата им позиция в района на Амазонка, близо до Куско. Това обяснява до голяма степен сцените, изобразяващи сблъсъците между войниците на инките и обикновените войници, наричани "чунчос" - обитателите на джунглата. Тези сцени са изобразени върху лакирани дървени чаши, изработени от инките. За някои обаче Мачу Пикчу е бил важен религиозен център. Доказателство за това са олтарите, както и неговата непристъпност. Именно там инките можели да бъдат най-близо до боговете си и дори да се докоснат до тях.